El gobierno y administración de la Universidad está bajo la responsabilidad de organismos, funcionarios y autoridades compuestos de la forma siguiente: Junta de Directores, Consejo Superior Universitario y Consejos de Facultad. Junta de Directores es la máxima autoridad normativa y administrativa, se compone de 5 miembros: Presidente, Vicepresidente, Secretario y dos Vocales. El Consejo Superior Universitario es el órgano ejecutivo de la Universidad y está integrado por el Rector, Vice-Rector, Secretario General, Fiscal, Decanos de las Facultades, un representantes docentes por cada Facultad y un representante estudiantil. A su vez cada Facultad tiene su propio Consejo de Facultad que atiende sus asuntos específicos. Lo conforman el Decano o Decana, quien lo preside, un Secretario, los Coordinadores de carrera y la representación docente y estudiantil.
Autoridades ULS:
Lic. Fidel Nieto Laínez
Rector
Lic. Dagoberto Gutiérrez
Vicerrector
Licda. Maritza Rivas
Secretaria General
Lic. Luis Nieto
Decano Facultad de Ciencias del Hombre y la Naturaleza
Licda. Martha de Solano
Decana Facultad de Teología y Humanidades
Msta. Ada Ruth González
Directora de Relaciones Nacionales e Internacionales
Lic. Gerardo Rosa
Fiscal
Msta. Carolina Serrano
Directora del Centro Universitario Regional de Cabañas
Consejo Superior Universitario:
Lic. Fidel Nieto Laínez
Rector
Lic. Dagoberto Gutiérrez
Vicerrector
Licda. Maritza Rivas
Secretaria General
Lic. Luis Nieto
Decano Facultad de Ciencias del Hombre y la Naturaleza
Licda. Martha de Solano
Decana Facultad de Teología y Humanidades
Msta. Ada Ruth González
Directora de Relaciones Nacionales e Internacionales
Lic. Gerardo Rosa
Fiscal